我们知道，清凉澄观是将禅宗摄于顿教的，莲池大师为标禅净同归之说，所以也将净宗的阿弥陀经及无量寿经判入顿教。因为莲池大师的看法是基于“心佛及众生，是三无差别”的观念，既然心即是佛，佛亦即是众生,那末，我们念佛便成了诸佛心内的众生,念的也就是众生心中的诸佛。这便是顿教。
再说，念佛念到一心不乱，所谓念极归空，也就是无念之念，名为真念。因此，终日念佛，主要是达于无念，即达无念之理，求生净土，也就了不可得。此正所谓不生而生，生实不生。亦正所谓自性弥陀与唯心净土的意思。这个思想，便是禅净同归的理论根据了。
信愿行的净土实践
莲池大师认为净土法门的行者,必须具备信、愿、行的三个条件：
一、信——深信生佛不二，众生念佛,必定能够往生,也当究竟成佛。故于阿弥陀经中，释尊要说：“汝等皆当信受我语。”
二、愿——如果只信而不发愿,那是到不了西方的,唯有要求往生，才得往生，所以阿弥陀经要说：“应当发愿，生彼国土。”
三、行——不仅发愿，尚必须更进一步，常行精进，念念相续，勿使间断，例如阿弥陀经所说：“执持名号，一心不乱。”
信、愿、行的三个条件，乃是往生净土之三种资粮，并且缺一不可。因为这三种资粮，实即如环无端、交替前进的三大修持要素。
在这三种资粮的第三种“执持名号”的修持，也即是闻思修三慧的内容：
一、闻慧——经说“闻说阿弥陀佛”之后，始知执持弥陀名号，所以此为闻慧。
二、思慧——执持的“执”，乃是在闻得弥陀名号之后，予以接受的功用，用什么接受，当然是心，以心接受，便是思慧。
三、修慧——执持的“持”，乃是接受之后，保守不舍，恒常不忘之意，所以就是念念相续的修慧。
念佛的修持方法，又可分为三种：㈠出声称念弥陀如来的名号，叫做“明持”。㈢不出声而心念者,叫做“默持”。㈢微动口唇而念，像咒家的金刚持那样的，叫做“半明半默持”。
在念佛之际，又分有计数念及不计数念，有人乃至用小豆论斗的记算他念佛的数字。这在莲池大师，不作硬性规定，只要你能持名念,计不计数，均随各人的所便而行。念佛的功能，要在一心不乱，数目多少。无关宏旨。
一心不乱的道理
所谓一心不乱，即是将我人的心，专注于一境，而非散乱妄想的一种情态。但此当分“事的一心”及“理的一心”之两面来说。
事的一心，是在执持名号之时的忆念，也就是口中称佛名号，耳中闻佛名号，心中常忆常念此佛名号，字字分明，缘虑相续，不间不断，行住坐卧，唯此一念，别无二念，因此而将贪嗔痴等的烦恼杂念，一律排之于心境之外。若到这一地步，即已得到信力的成就，唯其仅能调伏烦恼，尚未能够破除烦恼。
再说理的一心，此即闻佛名号之时，不唯忆念常念，尚须反观审察此亿念常念的根源，达于极点，即能于自本心，契合根源而为一心。但此也有两个阶段：
第一、能念所念，更无二物，即在能念的我心之外，别无一个为我所念的佛在；除了所念的佛外，我的心中也没有一个能念的佛在，唯即一心而已。
第二、能念所念，都是非有非无，离四句义，言思路绝，莫可名状。即于一心之中，能所情消。有无见尽，的的确确，唯与清净本然的理体契合。此即是纯粹不涉一点事相的理观，当此观力成就，即进入见道位，即能破除烦恼杂心了。
此所说的理之一心，含摄极其深广，例如文殊般若经的一行三昧、华严经的一行念佛一时念佛、起信论的观佛真如法身，都是这个一心的意思。又如观无量寿经所说，至诚等的三心、起信论所说直心等的三心、往生论所说清净等的三心，乃至华严经的十心,宝积经的十心，也无不具于这个一心之中。还有净名经所说的八法，德云比丘所说的二十一种念佛门，也不外此理之一心。
此在菩萨名为念佛三昧，在达摩即是直指本源的禅。所以，念佛一声能灭八十亿劫生死重罪，道理即在于此念佛至理之一心的境界而已。
可见的念佛虽然容易，道理实不简单，若非念至一心不乱,那就非常的肤浅了。因为莲池大师所见的念佛法门，实在是极其简易而又极其精深的，在简易的实践之中，含有精深的哲理思辨。
莲池大师又根据宗密大师的的普贤行愿品疏，把念佛的方式分为四种：
一、称名念佛——即指阿弥陀经所示的持名念佛。
二、观像念佛——注目观瞻所供的佛像。
三、观想念佛——依据观佛三昧经及十六观经所说的方法，以心眼来观想如来的身相。
四、实相念佛——即是摆脱了生灭、空有、能所等的观念,也绝离了言说、名字、心缘等观念，专念自性本净的天真的佛，例如华严经所说的“若我欲见，极乐世界，阿弥陀佛，随意即见”，就是指的实相念佛。
在此四种念佛方式之中，后后胜于前前，以称名念佛量浅近，实相念佛最究竟，而此实相念佛，就是理之一心,所以，仍可首尾兼顾，并非别出方便。
